幕府时代中期，德川中央财政日渐亏空。贪婪的统治者为了聚敛钱财，不惜大肆剥削地方大名的财产和土地。为达到监控大名的目的，幕府向地方派出众多有着暗影之称的密探。地方不胜其扰，于是联合其他诸藩聘请有着暗影猎人之称的绝世高手狙击这群来自中央的恶徒。室户十兵卫（石原裕次郎 饰）、日光干武之进（内田良平 饰）、月光日下弦之助（成田三樹夫 饰）三人皆因幕府和暗影成为无主可依的浪人，出于对幕府的憎恨，他们结成了暗影猎人三人组。但马国出石藩新发现的矿藏，引得幕府垂涎，幕府为此奸计百出，而十兵卫率领的暗影猎人和暗影集团的战争也愈演愈烈…… 本片根据さいとうたかを的同名剧画改编。